中国现代教育装备
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 期刊导读  
高等农业院校高性能计算平台的建设与实践
来源:《中国现代教育装备》杂志 时间:2021-9-22 10:22:25
  [导读]针对当前高等农业院校科学研究和学科发展对高性能计算资源需求日益激增的实际状况,以山东农业大学高性能计算平台建设为例,分析了高性能计算平台的建设背景与意义,介绍了平台建设概况和应用情况,提出了思考与建议,为高校高性能计算平台建设提供了有益借鉴。

  高性能计算已成为支撑科学研究和技术创新发展的基本方法,也将成为高等院校提升科技创新能力的重要手段。超级计算将在高校农业科学、生命科学、环境科学、食品质量和安全、生物信息、流体力学、计算化学、高能物理、信息技术、仿真计算等科学研究领域发挥重要的作用。高性能计算平台可为科学研究提供大规模高性能科学计算和仿真计算服务,为高层次人才培养、学科建设提供多学科交叉融合的平台及环境,是高校提高人才培养质量、提升科研水平和学科竞争力的必然需求。

  1 高性能计算平台建设背景

  2 我校高性能计算平台建设概况

  3 我校高性能计算平台应用实践

  4 问题与思考

  第一,高性能计算平台建设需要结合应用需求,不能盲目追求计算机峰值。针对农业院校各学科不同应用的计算特点,在高性能计算平台建设过程中,要统筹考虑软件和硬件建设,根据迫切程度购置相关硬件设备,比如农学类、测绘类等专业,部分用户有高存储服务器的需求,需要较大的存储空间。因此,针对用户需求、依据农业院校专业与学科特点去扩充资源,才能最大化地节省资源,最大限度地发挥其作用。

  第二,在高性能计算平台运行过程中,需要加强管理,合理调度作业进程,提高利用率。有针对性地对操作系统多核版本、多级并行编程模型、编译器和应用软件等进行进一步的研究,提高应用软件在多核大规模计算机系统上的运行效率,开发易于使用的高性能计算机系统,降低高性能计算平台的使用门槛。

  第三,高性能计算平台涉及模型建立、并行算法、应用测试等多个领域,具有综合性、系统性等特点,因此,急需加强对既懂专业知识又懂计算科学的复合型人才的培养,还需加强不同学科之间的交流与合作。

  第四,建立农业高校信息化建设一盘棋的思想,建设各学科、各领域的应用网格系统,实现高性能计算平台的资源整合与共享,提高资源利用效率,才能为学校更多的用户提供高质量的高性能计算应用服务[13]。

  参考文献

  [1] DONGARRA J J, MEUER H W, STROHMAIER E. TOP 500 Supercomputer Sites Sites, 11th Edition[M]. University of Tennessee, 1998.

  [2] 党岗,程志全.超级计算中心核心应用的浅析[J].计算机科学,2013,40(3):133-135.

  [3] 赵立成,沈文海,肖华东,等.高性能计算技术在气象领域的应用[J].应用气象学报,2016,27(5):550-558.

  [4] 唐冲,徐炯,叶姣云.高校信息化建设中“信息孤岛”的成因和对策研究[J].浙江中医药大学学报,2013(5):631-632.

  [5] 刘培,何彤宇.基于云计算的高校管理信息系统构建研究[J].软件导刊,2015(5):119-120.

  [6] 张云泉.2018年中国高性能计算机发展现状分析与展望[J].计算机科学,2019,46(1):1-5.

  [7] 铁兵,刘晓玲,陈云海.大数据环境下超算中心的服务及定价分析[J].电信技术,2014,1(10):11-14.

  [8] 陈新宇,刘倩,张宝花,等.基于高性能计算环境的科学计算应用平台设计与实现[J].科研信息化技术与应用,2016(5):43-51.

  [9] YU J . PGAP: pan-genomes analysis pipeline[J]. Bioinformatics, 2012, 28(3):416-8.

  [10] 庄尚德,周泓伶,李睿.信息化机房安全监控与维护管理[J].中国水运:航道科技,2016(3)51-56.

  [11] 周宇.超级计算机监控系统关键技术研究[D].长沙:国防科技大学,2016.

  [12] 孙晓勇.高通量测序技术在选择性剪接研究中的应用[M].北京:中国农业出版社,2018.

  [13] 赵毅,朱鹏,迟学斌,等.浅析高性能计算应用的需求与发展[J].计算机研究与发展,2007,44(10):1640-1646.

董晓亮 宋长青 李俊清 周 虎 王秀美 山东农业大学农业大数据研究中心


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