高校科学研究特别是物理、化学、生物、信息、工程、材料、电子、环境、能源等学科领域,研究数据在大幅增加,数据规模呈指数级增长,高性能计算(High Performance Computing,HPC)已成为支撑这些学科领域进行科学研究和技术创新的基本方法[1-2]。在生命科学领域,高性能计算可用于计算生物学、系统生物学、结构生物学、临床组学数据的分析存储、技术开发,辅助病毒筛查、毒株分离、疫苗研发等工作。从“人类基因组计划”开始的基因测序到2020年科学家使用超级计算机抗击新型冠状病毒肺炎疫情,再到人工智能程序AlphaFold2对蛋白质结构的高精准预测,都是高性能计算在生命科学领域的实践应用。
随着对高性能计算需求的增加,各高校纷纷建立校级高性能计算平台,既提升了学校科研工作的能力和水平,又促进了相关教学工作的开展[3]。江南大学生物工程学院为中国发酵工程学科的诞生地,以发酵工程和糖工程为依托的轻工技术与工程已被评为“双一流”建设学科。经调研论证,2020年学院决定建立一个服务“双一流”建设学科的、“小而精”的高性能计算平台,以满足学科发展需求。然而,关于服务“双一流”建设学科的高性能计算平台建设的必要性以及如何建设、如何运行管理等方面的研究,很少有报道。因此,本文以学院高性能计算平台建设为例,阐明其建设的必要性,介绍了平台的硬件和软件配置,以及平台在运行过程中的管理和服务模式,为其他高校服务“双一流”建设学科以及院级或中小级规模的高性能计算平台建设和管理提供经验。
1 高性能计算平台建设的必要性
2 高性能计算平台的搭建
3 高性能计算平台管理及服务模式
4 结语
江南大学生物工程学院高性能计算平台建设,紧密围绕“双一流”建设学科的发展,科学配置平台硬件和软件资源,对平台的管理和服务模式进行全面探索与创新,搭建了一个技术先进、服务优良、成果突出的科研创新支撑平台。该平台已成为科学研究和人才培养的重要平台,有力地推动了“双一流”建设学科的发展。
参考文献
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[2] 阳王东,李肯立.高性能计算专题前言[J].计算机科学,2020,47(8):2-3.
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[4] 常金凤,李宁东,江畅.我国超算产业发展研究[J].信息通信技术与政策,2022(3):64-68.
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[6] 陈园园,崔贯勋.高性能计算平台建设、运行与服务模式的探索[J].计算机技术与发展,2021,31(7):87-91.
王琼 张平 尤翠萍 凌梦莹 曹晓梅 江南大学生物工程学院 |